一般來說，細(xì)胞核染料根據(jù)其滲透性，可分為膜滲透性核染料和膜不可滲透性核染料。

膜滲透性核染料可用于標(biāo)記具有健康、完整細(xì)胞膜的活細(xì)胞，以及具有受損膜的細(xì)胞（如死細(xì)胞，固定細(xì)胞或透化細(xì)胞）。這些染料的總體毒性相對(duì)較低，對(duì)細(xì)胞功能的影響極小，從而可以在細(xì)胞發(fā)育和細(xì)胞過程的階段跟蹤活細(xì)胞，或作為活細(xì)胞中合適的復(fù)染劑。膜滲透性核染料如Hoechst系列、DAPI等。

膜不可滲透性核染料可用于標(biāo)記受損細(xì)胞膜的細(xì)胞核，例如死細(xì)胞，固定細(xì)胞或透化細(xì)胞。由于膜不可滲透性核染料不能標(biāo)記活細(xì)胞，因此它們通常在細(xì)胞生存力測定中用作死細(xì)胞指示劑，或在免疫標(biāo)記或共定位實(shí)驗(yàn)中用作核復(fù)染。膜不滲透的核染料包括PI、7-AAD等。

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